La réponse est simple, la convention collective prime sur le code du travail sauf si celui-ci est plus favorable pour le salarié. 

Par exemple, la convention 1966 des établissements médico-sociaux prévoit 2 jours de congés pour le décès d'un frère ou d'une soeur mais le code du travail accorde 3 jours de congés depuis la loi N°2020-692 du 8 juin 2020. Dans ce cas, c'est le code du travail qui prime et le salarié a droit à 3 jours de congé.